随着新三板市场快速扩容，各种问题也频繁暴露，包括占用资金、内幕交易、操纵股价、信息披露不及时等乱象时有发生，监管力度也在不断加强。10月17日，江苏证监局一口气对金马扬名、德运塑业等8家新三板挂牌企业采取出具警示函的监管措施，要求公司股东或关联企业立即停止占用公司资金、资产的违规行为。
据中国基金报记者不完全统计，截至目前，新三板共有9227家挂牌企业，从三季度至今，新三板市场共有约178家新三板企业受到不同程度的处罚，涉及约270项违规事件，二季度有约120家新三板企业被处罚。
从时间分布来看，7、8、9月份违规处罚事件的数量相当，都超过了80项，9月最多，有95项，10月份目前有16项。由于公司本身经营存在问题被处罚的数量最多，占据违规事件的一半左右，数量第二多的违规事件与公司实际控制人和高管有关，接近100项。
上述违规事件除了由股转系统开出警示函外，还有证监会、地方证监局、地方环保局直接处罚，甚至还有公安机关直接干预。比如卫东环保、晨龙锯床等企业先后被立案调查，德安股份、永捷股份分别因高管涉嫌刑事犯罪案件被拘留，中矿龙科还因高管背信损害上市公司利益被芜湖市公安局逮捕。
除了对公司进行处罚，连带主办券商和会计事务所等也同时受到处罚。比如，因股东减持公司股份未及时披露，股转系统对皆悦传媒发出了3封监管函，其中涉及其主办券商和会计事务所。
值得注意的是，根据联讯证券的研究显示，三季度以来，有19家创新层企业也受到了处罚。其中，米米乐、天富电气和奇致激光是由地方监管局进行处罚，垦丰种业、宏源药业、永联科技等公司受到股转公司的处罚。
10月21日，股转系统发布《全国中小企业股份转让系统挂牌公司股票终止挂牌实施细则(征求意见稿)》，对未能披露定期报告、重大违法、最近三十六个月内累计受到全国股转公司三次纪律处分、持续经营能力存疑等情形将被强制终止挂牌。根据上述情形，在众多违规事件中，有部分企业已触及了被强制终止挂牌的红线。一位市场人士对记者表示，对于严重的违规事件，监管层将不再容忍，建立市场化、常态化的进出机制，优胜劣汰，将有利于新三板市场更加规范和健康的发展。
另外，根据联讯证券研究报告显示，三季度监管部门对于新三板主办券商的监管力度空前。7月份以来，先后有19家券商收到股转系统的自律监管措施处罚，其中东莞证券和财通证券还各领到两张自律监管措施处罚通知。而在2016年三季度之前，仅有10家券商被股转系统处罚过。从被处罚的原因来看，主要包括尽职调查不彻底、信息披露违规未及时指导、违规开新三板账户以及做市交易不够规范等。
对此，上述市场人士表示，新三板公司数量众多，同时又存在很多不规范的地方，目前主办券商的数量还不到100家，人手不足，工作量又不断加大，难免会有疏漏。
兴业证券研究认为，从8月初开始，无论是国务院还是股转系统，对于新三板的政策及公开言论均较为频繁，而且带有明显的积极信号，在“蜜糖”频发的同时，监管明显趋严，这对新三板长期健康发展是好事。
