由于挂牌“新三板”准入条件相对于较低，企业多为中小公司，税务管理岗位及制度建设长期缺失，在“股改”等环节因税务诱发的历史问题常常成为很多企业挂牌中的“拦路虎”;与此同时，一些企业挂牌成为“公众”公司后，由于涉税事项处理的不规范，受到主管税务机关的处罚，其被社会媒体“放大”后，对企业带来的负面作用明显。那么新三板挂牌的相关税务问题应该如何处理呢?
1、发票问题
问题：发票无小事，无论是“股改”过程中发现不合规发票入账的历史遗留问题还是在挂牌后出现的发票问题，都有可能招致“行政处罚”甚至是“刑事处罚”，尤其是“营改增”后，增值税专用发票引发的“刑事风险”无论对公司高管还是公司本身，都具有不可估计的破坏力。
对策：加强公司内部发票的规范性管理，尤其在开具、接收过程中，严格按照发票管理的程序，重点审核“账”、“票”的一致性。
2、个人股东盈余公积、未分配利润转增股本未缴纳个人所得税
问题：“股改”过程中，个人股东将累积的盈余公积、未分配利润转增股本，未按照规定缴纳个人所得税。
对策：按照税法规定，该情形下应视同进行利润分配，需要按照20%的税率缴纳个人所得税。
3、个人以非货币性资产投资未缴纳个人所得税
问题：个人股东以无形资产等非货币性资产投资入股，没有缴纳个人所得税，且已经按照一定年限对无形资产进行了摊销。
对策：根据《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税【2015】41号文)，个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。企业上市微信公众号TL18911835315对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。 个人以非货币性资产投资，应按评估后的公允价值确认非货币性资产转让收入。非货币性资产转让收入减除该资产原值及合理税费后的余额为应纳税所得额。
4、关联交易定价不合理
问题：部分企业利用关联企业之间的“税负差”转移利润，实现降低税负的目的;
对策：关联交易应按照《企业所得税》以及《特别纳税调整》的规定，提交留存相关资料，以证明定价的合理性。
5、特殊性税务处理未进行备案
问题：企业在进行重组中，适用了特殊性的税务处理，却没有按照规定到主管机关进行备案。
对策：选择特殊税务处理应按《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)第11条规定备案;如企业重组各方需要税务机关确认，可以选择由重组主导方可向税务机关申请，层报省级税务机关确认;
6、整体改制中的契税、营业税、土增税问题
问题：企业在整体改制中，涉及到大量资产的转让行为，没有按照税法规定缴纳相应的契税、营业税、土地增值税等。
对策：依照税法规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。根据《关于企业改制重组有关土地增值税政策的通知》(财税〔2015〕5号)，符合条件的四种情况暂不征收土地增值税。
7、消除同业竞争，未进行税务注销
问题：企业挂牌新三板前，为了消除同业竞争问题，对部分项目公司进行了注销，却没有进行税务注销。
对策：企业应该按照规定，及时进行税务注销，进而进行工商注销，从法律上消灭主体资格。
8、税收迁移问题
问题：企业为了享受区域性的税收优惠，实施了税收迁移，但是企业法人营业执照、实际办公地址、税务登记证存在不一致的情形。
对策：企业应该尽快按照工商、税务部门的要求，实现营业执照、税务登记等的一致性。
9、税务优惠资格存疑
问题：企业取得税收优惠资格(如高新技术企业等)后，管理不规范，没有按规定提交相应的备案等材料。
对策：挂牌前，企业已经取得的税收优惠资格，比如高新技术企业、双软企业等，应该符合国家相关法律、文件的要求，获得相应的批准，进行备案，以保证税收优惠资格的有效性。
10、存在欠税问题
问题：挂牌前，公司存在欠缴税款行为。
对策：及时申报缴纳税款是企业的应尽义务，如果企业因为特定的原因不能及时缴纳税款，可以按照规定申请延期缴纳税款，否则，会受到相应的行政制裁，并会成为挂牌新三板的障碍。
11、存在补税行为
问题：部分企业挂牌前为了提高的账面利润，调增利润，从而补交税款，还有因为会计差错补交税款。
对策：企业挂牌前补交大量税款，需要有合理的说明，否则会构成挂牌新三板的障碍因素。而对于因会计差错，不交少量的税款，一般不会影响新三板挂牌。
